Scopo centrale del CLI in ambito didattico è promuovere ed incrementare la conoscenza strumentale delle lingue straniere moderne fra studenti pre- e post-laurea e fra il personale docente, amministrativo e tecnico. A tal fine il CLI non solo organizza corsi per gruppi ad ogni livello ma offre tecnologie, materiali e consulenza per l'apprendimento individuale autonomo. Possono iscriversi ai corsi e utilizzare le strutture del CLI gli studenti dei corsi di laurea triennale o specialistica di tutte le Facoltà, gli iscritti a tutti i corsi di terzo ciclo o comunque post-laurea, il personale docente e tecnico-amministrativo dell’Ateneo pisano e, mediante accordi, studenti, perfezionandi, docenti e personale tecnico-amministrativo della Scuola Superiore di studi universitari e di perfezionamento "S.Anna", della Scuola Normale Superiore e del CNR di Pisa. L’iscrizione ai corsi non comporta il pagamento di tasse. E’ invece previsto il versamento di un contributo di laboratorio e biblioteca. Il CLI si adopera anche perché possano usufruire di corsi di lingua dipendenti di Enti pubblici e privati esistenti nel territorio attraveso la stipula di apposite convenzioni.

Il CLI caratterizza ulteriormente la specificità e la qualità delle proprie attività didattiche con l’attivazione di corsi speciali di francese, inglese, portoghese e tedesco finalizzati rispettivamente al conseguimento delle certificazioni internazionali DELF (Diplôme d'Etudes en Langue Française) per il francese, FCE (First Certificate in English), CAE (Certificate in Advanced English) e TOEFL (Test Of English as a Foreign Language) per l'inglese, DEPLE (Diploma Elementar de Português;s Língua Estrangeira) per il portoghese e ZD (Zertifikat Deutsch) per il tedesco.

Dall’anno accademico 2002-03 il CLI risponde al compito innovativo di fornire per gli studenti dell'Ateneo la certificazione delle abilità linguistiche come richiesto per il conseguimento della laurea triennale. Il certificato richiede il superamento di una prova di valutazione specifica, scritta e orale, costruita secondo criteri analoghi a quelli delle certificazioni standard internazionalmente riconosciute. Il livello di competenza necessario è attualmente identificato col B1 (livello ALTE) corrispondente al pre-intermedio convenzionale del CLI. La prova si svolgerà a regime nel corso dell'a.a. 2002-2003, con cadenze opportunamente precisate; la parte scritta della prova sarà in seguito accessibile in versione informatizzata.